Conan Edogawa lên đường truy bắt Lupin Đệ Tam, kẻ tình nghi đánh cắp viên ngọc có tên Cherry Sapphire. (Phần tiếp theo của chương trình truyền hình đặc biệt Lupin đệ tam vs. Thám tử lừng danh Conan, 2009.)

Phim kể về những thành viên bí ẩn của ninja từ Land of the Sky thực hiện một cuộc tấn công bất ngờ vào Konoha . Điều này là bởi vì Konoha đã gần như tiêu diệt đất của Sky trong Chiến tranh thế giới thứ hai Shinobi. Nhóm bắt đầu tấn công Konoha, gây ra tình trạng lộn xộn khối, với Sora-nin bay sử dụng một thiết bị Cơ Winged và bắn phá làng. Một cậu bé đã đi một chặng đường rất dài để thông báo cho Konoha rằng ngôi làng của mình đã bị tấn công, và rằng ông đang tìm kiếm sensei của mình, những ngườ...

Những con quỷ đã từng gần như phá hủy thế giới, được hồi sinh bởi một ai đó. Để ngăn chặn thế giới bị hủy diệt, con quỷ phải bị phong ấn và người duy nhất có thể làm điều đó là cô gái đền thờ Shion từ đất nước của quỷ, người có hai sức mạnh; Một người đang phong ấn quỷ và người kia dự đoán về cái chết của con người. Lần này, nhiệm vụ của Naruto là bảo vệ Shion, nhưng cô dự đoán cái chết của Naruto. Cách duy nhất để thoát khỏi nó, là tránh xa Shion, thứ sẽ khiến cô không được bảo vệ, sau đó là co...