Một người đàn ông buộc phải gánh chịu quyền lực và bị tước bỏ nhân tính. Một người phụ nữ hoài nghi về hạnh phúc. Takeshi Hongo, một Augmentation được tạo ra bởi SHOCKER, và Ruriko Midorikawa, một kẻ nổi loạn của tổ chức, trốn thoát trong khi chiến đấu chống lại những kẻ ám sát. Công lý là gì? Điều ác là gì? Bạo lực này sẽ kết thúc? Bất chấp sức mạnh của mình, Hongo cố gắng vẫn là con người. Cùng với tự do, Ruriko đã lấy lại được trái tim. Họ sẽ chọn con đường nào?

Sau các đợt tấn công không dứt của Angel, NERV quyết định tiếp nhận thêm hai phi công mới đến hỗ trợ cho chiến dịch là Asuka Langley Shikinami, một cô bé mạnh mẽ đầy cá tính, và Makinami Mari Illustrous, một nữ phi công bí ẩn từng lập chiến công tiêu diệt hài cốt tái sinh của Angel thứ ba, Shamshel. Cùng với sự hỗ trợ của Asuka, công cuộc chống chọi các Angel trở nên nhẹ nhàng hơn và Ikari Shinji cũng đã bắt đầu quen dần với cuộc sống và mở lòng với mọi người. Để rồi một biến cố kinh hoàng xảy đ...

Bộ phim xoay quanh cuộc chiến chống lại sự xâm lược của sinh vật khổng lồ "Angel". Chuyện bắt đầu vào năm 2015, khi thế giới đã bị phá hủy bởi một sinh vật gọi là Adam, lúc này Ikari Shinji đến một thành phố và đã gặp một Angel đang phá hủy nó. Shinji đã được một cô gái trong tổ chức đưa xuống nơi đang chế tạo một robot có tên "Eva" để chiến đấu chống lại Angel...