Mùa 2 tiếp tục theo chân Tiến sĩ Temperance Brennan và đặc vụ FBI Seeley Booth khi họ điều tra các vụ án mạng mà nạn nhân chỉ còn lại hài cốt. Các vụ án trở nên phức tạp và u ám hơn, đòi hỏi đội Jeffersonian áp dụng khoa học pháp y ở mức cao hơn.

Tiến sĩ Temperance "Bones" Brennan nhà nhân chủng học pháp y, hợp sức cùng đặc vụ FBI Seeley Booth xây dựng nên một đội ngũ chuyên điều tra những vụ án, mà nạn nhân chỉ còn là một đống bầy nhầy đầy giòi bọ hoặc chỉ còn là đống xương khô. Booth thì dựa vào khả năng truy tìm manh mối từ hiện trường và những người còn sống, trong khi đó Brennan thì luôn chú tâm vào đống hài cốt, cô có thể tìm hiểu được mọi thứ về nạn nhân từ bộ xương. Họ cùng những thành viên khác của nhóm nghiên cứu ở Viện khoa họ...