Đóng vai những người yêu nhau trong kỳ nghỉ, Motoko và Batou làm việc để cố gắng ngăn chặn một tổ chức khủng bố có biểu tượng là Scrasath. Trong khi đó, Togusa điều tra vụ sát hại một người đàn ông sở hữu chiếc chân giả do Công ty Chân của Nàng tiên cá sản xuất.

Ở cuối phần trước, Thiếu tá Kusanagi Motoko đã không còn làm việc cho đơn vị 501 nữa, giờ cô đã được Aramaki tuyển vào Section 9. Và trong khi còn chưa tuyển được thành viên cho đội đặc nhiệm của riêng mình, một kẻ thù tân công toàn bộ hệ thống điều khiển giao thông của thành phố, chỉ có cô và con Logicoma của mình có thể ngăn chặn hắn, tuy nhiên cô không thể làm việc này một mình…