Sau khi nhận lời mời của một huấn luyện viên bí ẩn, Ash, Misty và Brock gặp Mewtwo – một Pokémon nhân tạo muốn gây chiến.

Có một mảnh đất huyền bí mà ở đó, loài người và các Pokémon sống hòa thuận, luôn kề vai sát cánh, chiến đấu cùng nhau trong các giải đấu. Và tại thị trấn Masara thuộc vùng Kanto, cậu bé 10 tuổi Satoshi với ước mơ trở thành một người huấn luyện Pokémon, chu du khắp mọi miền và giành được danh hiệu “Chuyên gia Pokémon”. Nhưng mọi chuyện không hề dễ dàng với Satoshi tại buổi chọn lựa Pokémon đầu tiên khi cậu đến muộn và chỉ còn sót lại Pikachu. Cuộc sống của Satoshi cũng từ đó bị đảo lộn hoàn toàn...