Năm 2199 sau Công nguyên. Yamato đã cố gắng bỏ lại thiên hà Đám mây Magellan Lớn sau khi nhận được "Hệ thống đảo ngược vũ trụ" tại điểm đến Iscandar. Tuy nhiên, đột nhiên, họ chạm trán với một nhóm bí ẩn ở rìa Đám mây Magellan Lớn. Phi hành đoàn phát hiện ra rằng nhóm này được gọi là "Gatlantis" và thủ lĩnh của nhóm là chỉ huy lực lượng viễn chinh Gutaba tự gọi mình là "Goran Dagaamu of Thunder". Chỉ huy yêu cầu giao nộp Yamato cho mình. Yamato, muốn nhanh chóng đến Trái đất, đã trốn thoát khỏi...