Câu chuyện bắt đầu khi Suzume vô tình gặp chàng trai Souta đến thị trấn nơi cô sinh sống với mục đích tìm kiếm "một cánh cửa". Để bảo vệ Nhật Bản khỏi thảm họa, những cánh cửa rải rác khắp nơi phải được đóng lại, và bất ngờ thay Suzume cũng có khả năng đóng cửa đặc biệt này. Từ đó cả hai cùng nhau thực hiện sự mệnh "khóa chặt cửa"!

Xoay quanh cuộc sống của cậu thiếu niên Morishima Hodaka, ở độ tuổi “trẻ trâu” 16 mùa bánh trưng, sau khi đã quá chán cuộc sống tại vùng đảo xa nên cậu có ý định lên thành phố Tokyo để tìm kiếm thử thách của riêng mình. Thế nhưng, mọi việc dần trở nên không giống như cậu mong tưởng, cuộc sống trở nên túng thiếu giữa thành thị đắt đỏ để rồi cậu co mình lại cùn nỗi cô đơn nhớ nhà. Để có tiền trang trải, Hodaka viết bài cho một tờ tạp chí chuyên tin tức về những hiện tượng lạ thường.  Nhưng đúng lú...

Trong dòng thời gian thay thế sau chiến tranh, Nhật Bản bị chia thành miền Bắc do Liên minh kiểm soát và miền Nam do Hoa Kỳ kiểm soát. Một tòa tháp cao bí ẩn mọc lên trong biên giới của Liên minh. Ba học sinh trung học hứa sẽ vượt biên bằng một chiếc máy bay tự chế tạo và làm sáng tỏ bí mật của tòa tháp.