Sau khi nhận lời mời của một huấn luyện viên bí ẩn, Ash, Misty và Brock gặp Mewtwo – một Pokémon nhân tạo muốn gây chiến.

Một ngôi sao băng va chạm vào hành tinh xanh, mở đầu cho cuộc đổ bộ của hàng triệu sinh vật ngoài vũ trụ xuống Trái Đất. Quân xâm lược bắt đầu tiến sát tới những thành phố rìa ngoài được xây dựng để bảo vệ những cư dân cuối cùng của thế giới trong khi thời gian còn lại chẳng bao nhiêu, ngày tận thế càng đến gần.