Thời kỳ Edo Nhật Bản, một người đàn ông bí ẩn xuất hiện trước samurai Katsura Kotarou và cầm thanh kiếm “Benizakura” hỏi Katsura so tài với mình. Sau đêm này, Katsura mất tích mà thú cưng của anh là Elizabeth ủy thác Kagura và Shinpachi tìm tăm tích của chủ nhân. Bên cạnh đó, Gintoki cũng được người khác ủy thác đi tìm tăm tích của Benizakura đang làm loạn khắp nơi. Manh mối cả ba người tìm được đều chỉ về một phi thuyền trên không và thế lực độc ác trong phi thuyền hống hách lộng hành bởi không...