Sonic, Knuckles và Tails phải đối mặt với một kẻ thù mới cực kỳ mạnh mẽ là Shadow - một nhân vật phản diện bí ẩn với sức mạnh không giống bất kỳ đối thủ nào họ từng đối mặt trước đây. Bị áp đảo về năng lực, Sonic phải lên đường thành lập một liên minh to lớn hơn.

Sonic muốn chứng minh rằng anh ấy có những gì cần thiết để trở thành một anh hùng thực sự sau khi chuyển đến Green Hills. Anh ta sẽ nhận được bài kiểm tra của mình khi Tiến sĩ có mặt. Để tìm kiếm một viên ngọc lục bảo huyền bí có sức mạnh hủy diệt nền văn minh, Robotnik và Knuckles đã tham gia cùng một cộng sự mới. Sonic và người bạn đồng hành của mình, Tails, bắt đầu một cuộc hành trình vượt địa cầu để tìm viên ngọc lục bảo trước khi nó rơi vào tay kẻ xấu.