Lúc Kenshin bắt đầu cuộc sống mới cùng Kaoru và bạn bè thì anh nhận được yêu cầu từ chính quyền Minh Trị. Makoto Shishio là một cựu sát thủ như Kenshin, bị phản bội và bị thiêu sống, nhưng hắn đã thoát chết và hiện đang ở Kyoto, cùng đồng bọn âm mưu lật đổ chính quyền. Trái với ý nguyện của Kaoru, Kenshin bất đắc dĩ nhận nhiệm vụ, đến Kyoto để ngăn cản cuộc nội chiến sắp xảy đến với đất nước của mình.

Cuộc chiến của hai kiếm khách huyền thoại Rurouni Kenshin và Shishio Makoto đã đến hồi căng thẳng. Shishio đưa chiến hạm của mình về hướng Tokyo, với mục đích lật đổ chính phủ Minh Trị, đưa Nhật Bản trở về thời biến lọan. Kenshin gặp muôn vàn khó khăn và suýt bỏ mạng khi chiến đấu với hỏa kiếm hủy diệt của Shishio cũng như các phong cách chiến đấu đa dạng của lũ tay sai dưới trướng hắn. Để ngăn cản Shishio, Himura Kenshin buộc phải tìm được đến sư phụ dạy kiếm thuật của mình để học tuyệt chiêu c...

Có cả một câu chuyện dài về ân oán giữa hai hãng buôn dược phẩm Ganso và Honke. Khởi nguồn của họ là một công ty kinh doanh dược phẩm được thành lập bởi Tokiya Manemon, người sáng chế ra một loại thuốc. Sau khi ngã bệnh, ông đã truyền lại công thức cho hai người học trò cưng. Nhưng họ nảy sinh bất hòa và mối ác cảm giữa hai người đã dẫn đến sự chia rẽ thành hai phe là Ganso và Honke. Cuối cùng vào một ngày nọ, biến cố đã xảy đến. Kiichiro, con cả nhà Honke, đầu độc thiếu chủ nhà Ganso là Nagahik...

Cựu sát thủ huyền thoại Kenshin Himura (Takeru Sato) nay đã trở thành một samurai lang thang. Anh ta giúp đỡ và bảo vệ cho những người cần đến mình như một hành động chuộc lại những lỗi lầm trong quá khứ. Rồi anh gặp và cứu giúp Kaoru Kamiya (Emi Takei). Cha của Kaoru mở một ngôi trường dạy kendo tại Tokyo, Kamiya Kasshin. Kaoru mời Kenshin đến ở lại võ đường của mình. Tại đây, tình cảm của 2 người dần tiến triển, tuy nhiên Kenshin vẫn luôn bị ám ảnh bởi quá khứ của mình.