Sau khi tìm được một nguồn tin ở California, Thiếu tá Kusanagi Motoko và Đội 9 quay lại Tokyo khi mối đe dọa hậu nhân ngày càng trở nên táo tợn.

Năm 2045, Kusanagi Motoko và Đội 9 trở lại để chiến đấu với một mối đe dọa mới nguy hiểm. Đây là bản cắt từ mùa đầu tiên của "SAC_2045", có độ dài ngang phim điện ảnh.

Pháp sư Asakura Yoh tham gia giải đấu được tổ chức 500 năm một lần, so tài với các pháp sư khác để trở thành Vua pháp thuật toàn năng.

Cuộc phiêu lưu tiếp tục khi Go và Satoshi tiến xa hơn trên hành trình nghiên cứu và Go tham gia Dự án Mew. Nhưng Mew không phải là Pokémon Huyền Thoại duy nhất!

Khi một giáo phái đặt bom trên toàn cầu vì muốn tiêu diệt hết người có Siêu năng, các Anh hùng phải xác định vị trí và vô hiệu hóa đống thiết bị của họ trước khi hết thời gian.

Nhà huấn luyện trẻ tuổi Satoshi và người bạn mới Go trở thành nghiên cứu sinh tại phòng nghiên cứu của Giáo sư Sakuragi. Họ đi khắp thế giới để tìm hiểu về Pokémon.