Clary Fray là một cô bé bình thường cho đến khi cô phát hiện ra bí mật thân thế của mình, trong người cô có phân nữa dòng máu là thiên thần. Và rồi cuộc sống của cô hoàn toàn bị đảo lộn khi mẹ cô bị một con quỷ bắt đi. Phim The Mortal Instruments: City of Bones chính là hành trình của của bé Clary đi cứu mẹ. Cô có thể nhìn thấu những bộ mặt quỷ đội lớp người ở thành phố New York nơi mà cô đang sinh sống. Bên cạnh đó, cô còn phải rèn luyện để trở thành một Shadow Hunter nới có đủ sức mạnh cứu mẹ...