Tổ Chức Rugal xoay quanh Kang Ki Bum (Choi Jin Hyuk), vốn là một cảnh sát giỏi nhưng trong khi đang điều tra về tổ chức Argos thì bị người của Argos tìm đến tiêu diệt. Cả vợ và con anh đều bị sát hại, còn anh thì bị làm cho mù mắt. Khi tỉnh lại, Ki Bum bị buộc tội giết chính vợ con mình. Trong tình thế tuyệt vọng, NIS tìm đến Ki Bum và kết nạp anh vào đội Rugal - một nhóm người đặc biệt lãnh nhiệm vụ đánh sập tổ chức tội phạm Argos.

Do tính chất công việc của chồng, gia đình Son Ji Eun chuyển đến sống ở một thành phố nhỏ. Vốn là người trầm tính cùng với cuộc hôn nhân “thiếu” tình yêu của mình, nên cuộc sống mới của Ji Eun ở đây trở nên tẻ nhạt. Nhưng rồi mọi chuyện bắt đầu thay đổi khi Yoon Jung Woo, một giáo viên sinh học, đột ngột xuất hiện.

Biệt Đội Bất Hảo nói về việc để ngăn chặn những tội ác bạo lực ngày càng gia tăng, cảnh sát trưởng yêu cầu cảnh sát Oh Goo Tak (Kim Sang Joong) thành lập một nhóm các tội phạm. Cảnh sát Oh Goo Tak hiện đang bị lực lượng cảnh sát treo bằng vì sử dụng bạo lực. Park Woong Cheol (Ma Dong Seok) là một tay côn đồ, Lee Jung Moon (Park Hae Jin) là tên giết người hàng loạt trẻ tuổi với trí thông minh đặc biệt, còn Jung Tae Soo (Jo Dong Hyeok) lại là kẻ chuyên đi giết thuê đã được cảnh sát Oh Goo Tak tập...