Trong tập phim này, Shinichi nhận lời mời dự tiệc từ kiến trúc sư Teiji Moriya, người không hề biết cậu đã bị thu nhỏ thành Conan. Cùng lúc đó, một kẻ lạ mặt gọi điện thách thức cậu tìm ra những quả bom đang được đặt xung quanh Tokyo. Hai sự kiện này liệu có liên quan đến nhau? Mọi việc càng trở nên nghiêm trọng khi Ran bị mắc kẹt tại một trong những tòa nhà đã bị đặt bom. Liệu Conan có tìm ra hung thủ và cứu cô bạn mình khỏi khoảnh khắc sinh tử?

Bộ phim bắt đầu ngay thời điểm Kiki - một cô bé phù thuỷ thực tập - đủ tuổi để rời gia đình và đến một nơi khác, nơi cô phải sống một mình trong vòng một năm để cô có thể trở thành một phù thủy thực thụ. Kiki khởi hành vào buổi tối cùng với sự cổ vũ của mọi người, sử dụng chiếc chổi của mẹ cô, và mang theo chú mèo Jiji cùng một số thứ cần thiết. Kiki chọn thành phố Koriko, một nơi mà cô có thể nhìn thấy biển, một thành phố có chiếc tháp đồng hồ cổ kính. Nhưng với một cô bé 13 tuổi cùng với chiếc...