Bộ phim hoạt hình thứ 9 của bộ truyện tranh Thám tử lừng danh Conan lấy bối cảnh trên một con tàu du ngoại sang trọng & đắt tiền. 15 năm trước, có một con tàu du ngoạn tên "Yashiromaru", được đóng bởi tập đoàn Yashiro, bị đắm khi đang thả buồm. Hiện tại, có một con tàu mới, chiếc "Saint Aphrodite", cũng được đóng bởi tập đoàn Yashiro. Conan, Sonoko & những người khác là khách mời trên con tàu ấy. Ngày thứ 2 trên con tàu, bà chủ của dòng họ Yoshiro được phát hiện bị giết trong căn phòng của bà ta...

Bộ phim mở đầu với công chúa Fuun cùng ba anh lính trung thành là trợ lí đắc lực của cô. Họ đã định bỏ cuộc khi phải chiến đấu mệt mỏi với Mao-tay bạo chúa già. Nhưng công chú Fuun nhất quyết không bỏ cuộc và trong lúc tức giận đã hiện lên chakra bảy màu để chống lại Mao. Cả ba trợ lí quyết định cũng sử dụng nguồn chakra của mình để hợp sức cùng công chúa Fuun và đã chống lại Mao. Cuối cùng họ cũng đã thắng và quyết định quay về nơi hiện lên cầu vồng.

Trong dòng thời gian thay thế sau chiến tranh, Nhật Bản bị chia thành miền Bắc do Liên minh kiểm soát và miền Nam do Hoa Kỳ kiểm soát. Một tòa tháp cao bí ẩn mọc lên trong biên giới của Liên minh. Ba học sinh trung học hứa sẽ vượt biên bằng một chiếc máy bay tự chế tạo và làm sáng tỏ bí mật của tòa tháp.

Một kẻ giỏi kiếm đạo liên tiếp gây ra 5 vụ án mạng làm xôn xao giới cảnh sát Tokyo. Theo lời mời, Conan cùng thám tử Mori đến đền Sanno để tìm pho tượng Như Lai đã bị đánh cắp 8 năm về trước! Tình cờ gặp lại Hattori, hai người bắt tay hợp tác phá án. Trong quá trình thu thập thông tin, Hattori giáp mặt hung thủ và bị đe dọa đến tính mạng. Sự xuất hiện của cô bé Kazuha, mối tình đầu của Hattori càng làm mọi việc trở nên rối rắm. Conan sẽ làm thế nào để tìm ra hung thủ và bảo toàn mạng sống cho Ha...

Haibara đã bị Tổ chức Áo đen nghe lén những cuộc điện thoại và một trong những địa điểm mà Haibara sẽ có mặt là buổi khai trương được tổ chức tại tòa tháp đôi Tokyo cao nhất Nhật Bản. Chúng quyết định đặt bom tại đây để thủ tiêu Haibara đồng thời xóa sạch dữ liệu của tập đoàn xây dựng tòa tháp. Trong khi Conan chưa tìm ra được manh mối thì tòa tháp đôi đã bị đánh bom, hàng loạt vụ nổ xảy ra, tất cả chìm trong biển lửa mù mịt. Conan, Haibara và các bạn đã bị kẹt, không còn lối thoát và có nguy cơ...