Dược sư trở lại khi hậu cung thời Edo đối mặt với cuộc khủng hoảng mới, đi kèm mối bất hòa trong gia đình, nội tâm bất ổn và sự đố kỵ dữ dội sinh ra linh hồn cuồng nộ.

Thanh tra Satou và Takagi trong một lần bắt truy bắt tội phạm và làm chúng bị thuơng, một trong số chúng trong cơn hôn mê đã nhắc đến đảo Koumi.Thật tình cờ, đó cũng là nơi mà Kogoro Mouri, Ran, Sonoko, cùng đội thám tử nhí nghỉ mát. Koumijima (Đảo Koumi) là một hòn đảo đẹp nằm trên biển Thái Bình Dương. Nơi đây có một truyền thuyết nói rằng có một ngôi nhà cổ nằm dưới đáy biển được gọi là "Biệt thự dưới đáy biển" cùng với 2 nữ cướp biển, "Anne Bonney" và "Mary Read", họ đã để lại số kho báu từ...

Phim xoay quanh cuộc phiêu lưu của nhân vật Satoshi, đi thu phục những pokemon đồng hành và mục tiêu trở thành nhà huấn luyện Pokemon tài ba.