Hồ sơ cá sấu xoay quanh câu chuyện của vợ chồng Hải và Nguyệt. Cuộc sống của họ bắt đầu thay đổi từ khi Nguyệt được lãnh đạo của mình là Khánh giao cho quản lý một file tài liệu mang tên "hồ sơ cá sấu", một hồ sơ liên quan đến sai phạm của Tuấn, người điều hành một tập đoàn xã hội đen đội lốt doanh nghiệp và đồng thời là sếp của Hải. Việc Nguyệt phải liên tục phải chạy trốn khỏi sự công kích từ Tuấn đã khiến Hải và gia đình cô không yên ổn trong một thời gian dài. Sự việc chỉ chấm dứt khi có sự...