Phim xoay quanh Jun (Kwon Sang Woo), cựu điệp viên hiện đang là hoạ sĩ truyện tranh - trở thành mục tiêu kép của cả Cơ quan Tình báo Quốc gia (NIS) và bọn khủng bố trên toàn cầu sau khi đăng tải webtoon (truyện tranh mạng) lấy cảm hứng từ chính quá khứ điệp viên của mình. Sở dĩ, hành động này của Jun không chỉ làm lộ bí mật quốc gia mà còn khiến bọn khủng bố tìm cách “trả thù”.

Master 2016 xoay quanh phi vụ trộm cắp lên tới hàng tỉ đô la của Giám đốc Jin (Lee Byung Hun), một tay lừa đảo khét tiếng, và công cuộc săn lùng tên tội phạm nguy hiểm này của một đội điều tra. Cánh tay phải của Jin, một chuyên gia máy tính, cũng là một nhân vật đóng vai trò quan trọng trong kế hoạch lừa đảo của ông ta.