Bộ tứ Ninja Rùa – Leo, Raph, Donnie và Mikey – lần đầu tiên phải bước đi trên con đường riêng của mình. Đối mặt với những mối đe dọa mới và sát cánh cùng những đồng minh cũ, họ sẽ phải tự tìm ra bản sắc thật sự của mình khi không còn anh em bên cạnh.

Sau nhiều năm được che chở khỏi thế giới loài người, anh em nhà Rùa lên đường chinh phục trái tim người dân New York và được chấp nhận như những thiếu niên bình thường thông qua các hành động anh hùng. Người bạn mới April O"Neil giúp họ chống lại một tổ chức tội phạm bí ẩn, nhưng họ sớm gặp rắc rối khi một đội quân dị nhân được thả ra tấn công họ.