25 năm sau, Evil Cooper tung hoành ngoài đời, còn Cooper thật mắc kẹt trong thế giới siêu thực. Anh thoát ra trong thân phận “Dougie Jones”, dần lấy lại trí nhớ và tiêu diệt Evil Cooper. Cuối cùng, Cooper cố cứu Laura khỏi cái chết, nhưng làm rối loạn dòng thời gian. Phim kết thúc mở: Cooper và Laura lạc vào một thực tại khác, không rõ họ đang ở đâu hay khi nào.

Vụ án Laura được giải mã: Cha cô – Leland Palmer – bị BOB chiếm hữu và chính là người giết con mình. Sau đó, Cooper đối đầu Windom Earle, kẻ muốn vào “Black Lodge” – nơi trú ngụ của các linh hồn. Cooper vào đó để cứu người yêu, nhưng bị kẹt lại, còn phiên bản ác (Evil Cooper) thoát ra thế giới thật.

Một buổi sáng, thi thể của Laura Palmer, nữ sinh nổi tiếng xinh đẹp và ngoan hiền, được phát hiện bên bờ sông, quấn trong nhựa nylon. Đặc vụ FBI Dale Cooper được cử đến điều tra vụ án cùng với cảnh sát trưởng Harry S. Truman. Khi điều tra, Cooper phát hiện ra Laura không hề là cô gái hoàn hảo như mọi người nghĩ – cô dính líu đến ma túy, mại dâm, và những bí mật u ám.