Shin Godzilla 2016 bắt đầu từ khi Aqua Line của vịnh Tokyo bị lũ lụt và sụp đổ một cách bí ẩn, Phó Chánh văn phòng Nội Rando Yaguchi của Nhật Bản tin rằng vụ việc đã được gây ra bởi một sinh vật sống. Tuyên bố của ông khiến Thủ tướng Chính phủ cảm thấy không hài lòng và những giả định vụ tai nạn đã được gây ra bởi một thảm họa tự nhiên. Tuy nhiên những dấu hiệu từ vụ thiên tai không giống với bình thường

Detective Nishi is relieved from a stakeout to visit his sick wife in hospital. He is informed that she is terminally ill, and is advised to take her home. During his visit, a suspect shoots one detective dead and leaves Nishi's partner, Horibe, paralyzed. Nishi leaves the police force to spend time with his wife at home, and must find a way to pay off his debts to the yakuza.

Murakawa, a Tokyo yakuza tiring of gangster life, is sent by his boss to Okinawa along with a few of his henchmen to help end a gang war, supposedly to mediate between two warring clans. He finds that the dispute between the clans is insignificant and whilst wondering why he was sent to Okinawa at all, Murakawa’s headquarters are bombed and he and his gang are ambushed.