Yuko chuyển đến một thành phố tràn ngập công nghệ thực tế ảo, cô cùng vài bạn khác tham gia văn phòng thám tử của bà để tìm kiếm trẻ em mất tích.

Con người và android sống trong hòa bình tại thành phố cuối cùng của thế giới bị tàn phá, đến khi thanh tra Re-l Mayer bắt đầu săn lùng một con quái vật tên Ergo Proxy.