Shin Godzilla 2016 bắt đầu từ khi Aqua Line của vịnh Tokyo bị lũ lụt và sụp đổ một cách bí ẩn, Phó Chánh văn phòng Nội Rando Yaguchi của Nhật Bản tin rằng vụ việc đã được gây ra bởi một sinh vật sống. Tuyên bố của ông khiến Thủ tướng Chính phủ cảm thấy không hài lòng và những giả định vụ tai nạn đã được gây ra bởi một thảm họa tự nhiên. Tuy nhiên những dấu hiệu từ vụ thiên tai không giống với bình thường

Phim kể về cô tư vấn viên vụ "phòng chống tự tử" tên là Rinku, một người phụ nữ trẻ xinh đẹp và có giọng nói ấm áp. Rinku có chồng là Shigehiko, một người đàn ông lớn tuổi giàu có nhưng mắc chứng ám ảnh cưỡng chế về sạch sẽ. Dù là vợ chồng nhưng họ chưa bao giờ quan hệ tình dục, 2 vợ thậm chí không không bao giờ ngủ cùng nhau nên Rinku cảm thấy rất cô đơn và khó chịu. Nhưng vì bổn phận của một người vợ, cô vẫn cố gắng chăm sóc cho chồng và phải tự xử trong việc thỏa mãn nhu cầu sinh lý. Thời gia...