"Tôi không phải nhân vật chính, cũng chẳng phải trùm cuối..." Tôi là một cậu trai ước mơ làm "chúa tể bóng tối", chèo lái câu chuyện trong bóng tối, bí mật phô bày năng lực, tên là Shido. Vừa mới hớn hở vì được chuyển sinh đến thế giới khác và quyết định "mình sẽ là chúa tể bóng đêm, ngấm ngầm loại bỏ giáo phái đen tối", thì hình như cái giáo phái ấy lại có thật...?? Thuận theo đó, các thiếu nữ thủ hạ của hắn cũng vì hiểu lầm mà tôn thờ hắn dưới danh nghĩa Shadow, bản thân Shido đã chẳng hề hay...

Vào một ngày mùa xuân khi hoa anh đào bắt đầu rụng, nàng công chúa ngây thơ của một đất nước nhỏ bé, Lion bắt đầu những ngày học tại một trường học ở Hokkaido. Trường có một cơ sở đặc biệt do ALCA điều hành nhằm đào tạo những nhà Logic học bảo vệ hòa bình thế giới. Lion có rất nhiều bạn cùng lớp đặc biệt trong Lớp 1-S, trong đó có Nina, một nhà Logicalist. Đây là câu chuyện về những ngày tràn đầy năng lượng và đáng yêu mà các học viên Logicalist cùng nhau trải qua. Đã đến lúc xuất thần!

Câu chuyện kể rằng cha của nhân vật chính Nanami Momozono bỏ trốn vì nợ nần cờ bạc chồng chất, nhân vật chính bị bọn đòi nợ đuổi ra khỏi nhà. Trong lúc Nanami tuyệt vọng không biết đi đâu về đâu đã tình cờ giải cứu người đàn ông yếu đuối bị con chó rượt đuổi. Sau khi người đàn ông biết được hoàn cảnh của Nanami, anh ta bất ngờ nói \Tôi sẽ cho cô ngôi nhà của tôi\. Dù cảm thấy rất khó tin nhưng Nanami vẫn nửa tin nửa ngờ đi theo. Nhưng điểm đến hóa ra là một ngôi đền bỏ hoang. Danh tính của người...

Trong năm 298 từ thời của các vị thần, các học sinh tiểu học Sumi Washio, Sonoko Nogi và Gin Minowa được giao nhiệm vụ quan trọng. Họ sẽ trở thành anh hùng và chiến đấu với Vertex, một kẻ thù bí ẩn đang tấn công Shinju-sama, cây thần để bảo vệ Shikoku, khu vực duy nhất trên thế giới vẫn còn sống được. Điều mà họ không biết là cuộc chiến này sẽ tốn kém nhiều hơn những gì họ có thể tưởng tượng được.

Vì người cha đam mê cờ bạc, mắc phải một món nợ lớn mà rời nhà, Nanami phiêu bạt nơi đầu đường xó chợ. Lúc đó nàng ấy trợ giúp một đàn ông thần bí bị con chó đuổi. Sau được biết cảnh ngộ của Nanami, đàn ông thần bí đó nói: “Thế thì ta cho nàng căn nhà của mình thôi!” Dù chưa tin hẳn, nhưng Nanami vẫn đến với “căn nhà” kia vì nàng ấy không có nơi ở nữa. Hóa ra căn nhà kia lại là một đền thờ đã bị bỏ hoang. Còn Tomoe, một người tự xưng là yêu quái cáo hầu hạ Thổ thần, xuất hiện và người đàn ông th...