Season 2 xoay quanh Đại hội võ thuật Trung Hoa, Baki vừa chữa độc vừa thi đấu, khẳng định sức mạnh và chuẩn bị cho trận chiến tối thượng với cha mình.

5 tử tù khét tiếng vượt ngục, kéo đến Nhật để tìm thất bại thực sự. Họ lần lượt đối đầu với Baki và các cao thủ như Doppo, Retsu, Hanayama... Sau chuỗi trận chiến đẫm máu, từng kẻ bị đánh bại. Baki mạnh mẽ hơn cả về võ thuật lẫn tinh thần, chuẩn bị cho thử thách lớn hơn.

Câu chuyện của Shisha no Teikoku lấy bối cảnh vào thế kỷ 19 ở Châu Âu, xoay quanh nhân vật John Watson. Anh bị chính phủ truy tìm, để trở thành một điệp viên bí mật. Tuy nhiên, Watson sống trong một thế giới nơi mà “Frankenstein”, những xác chết được gắn linh hồn giả vào, với mục đích sử dụng chúng như những người lao động, nhằm cải thiện và phát triển nền nông nghiệp.