Việc tìm kiếm tài liệu về biển để phục vụ cho công việc học tập sẽ khiến cánh cửa thần kỳ của Doraemon mở ra và đưa Nobita đến với Shizuka, Gian và Sueno dưới lòng đại dương sâu thẳm. Lần này những người bạn của chúng ta lên một con thuyền khổng lồ và độc đáo để tìm hiểu về những bí ẩn của biển và tìm kiếm kho báu. Điều mà không ai có thể tưởng tượng được là sự biến dạng của dòng không-thời gian sẽ dẫn họ đến thế kỷ XVII giữa một cơn bão lớn sẽ khiến họ bị đắm và nơi Doraemon đánh mất chiếc túi...