Một người đàn ông buộc phải gánh chịu quyền lực và bị tước bỏ nhân tính. Một người phụ nữ hoài nghi về hạnh phúc. Takeshi Hongo, một Augmentation được tạo ra bởi SHOCKER, và Ruriko Midorikawa, một kẻ nổi loạn của tổ chức, trốn thoát trong khi chiến đấu chống lại những kẻ ám sát. Công lý là gì? Điều ác là gì? Bạo lực này sẽ kết thúc? Bất chấp sức mạnh của mình, Hongo cố gắng vẫn là con người. Cùng với tự do, Ruriko đã lấy lại được trái tim. Họ sẽ chọn con đường nào?

Shin Godzilla 2016 bắt đầu từ khi Aqua Line của vịnh Tokyo bị lũ lụt và sụp đổ một cách bí ẩn, Phó Chánh văn phòng Nội Rando Yaguchi của Nhật Bản tin rằng vụ việc đã được gây ra bởi một sinh vật sống. Tuyên bố của ông khiến Thủ tướng Chính phủ cảm thấy không hài lòng và những giả định vụ tai nạn đã được gây ra bởi một thảm họa tự nhiên. Tuy nhiên những dấu hiệu từ vụ thiên tai không giống với bình thường