Vào một buổi sáng bình thường ở Tokyo, các hành khách bỗng phải chiến đấu để sinh tồn khi toa tàu của họ xuyên không đến tương lai tận thế.

Sau sự sụp đổ của tổ chức phòng chống ác ma bù nhìn Fenix, hai cựu thành viên Daiji và Hiromi tiếp tục dẫn dắt tổ chức dưới tên mới là Blue Bird với sứ mệnh bảo vệ hòa bình cho người dân. Giữa lúc một tổ chức cực đoan bắt cóc trẻ em đang hoành hành và một ác ma mới xuất hiện, Hiromi bất ngờ bị truy nã vì có liên quan đến các vụ bắt cóc. Trong khi đó, ác ma bên trong Daiji thì lại bắt đầu phản bội chính cậu.

Khi bố mẹ cùng với những hành khách khác bị một nhóm không tặc bí ẩn tấn công và bắt cóc đến một khu vực cấm, ba anh em nhà Igarashi liều mình tham gia nhiệm vụ giải cứu. Tuy nhiên, ba anh em không biết được rằng kẻ đứng sau mọi chuyện là Azuma. Hắn đang âm mưu chiếm đoạt sức mạnh tiềm ẩn bên trong của cả ba, nhằm thống trị nhân loại.

Một giáo phái quỷ quyệt lợi dụng tâm ma của con người để tạo nên một đạo quân hùng mạnh, đe dọa an toàn của Nhật Bản. Trước tình cảnh đó, chính phủ Nhật thành lập tổ chức Fenix nhằm phát triển vũ khí mới có khả năng khai thác sức mạnh của ác quỷ để chống lại chính chúng. Khi hiểm họa đến ngày càng gần, Ikki - anh trai của một thành viên Fenix - đã ký kết khế ước với ác ma bên trong mình để trở thành Kamen Rider bảo vệ gia đình và thế giới.