Bối cảnh phim xảy ra trên con tàu Aegis hiện đại, trên tàu có đầy đủ lực lượng của Bộ quốc phòng cũng như của Lực lượng tự vệ bờ biển Nhật Bản. Ran bị đe dọa, và Conan bắt buộc phải đối đầu với một tên tội phạm nguy hiểm.

Sở cảnh sát nhận được thông tin về một vụ nổ ở Viện vi sinh học Tokyo thuộc thành phố Tokyo Nishitama do một nhóm khủng bố mang tên Red Shamu-Neko (Mèo Xiêm Đỏ),và có thể chúng đã lấy đi một loại virus vô cùng nguy hiểm. Trong khi đó, để truy bắt Kid, bác của Sonoko, Suzuki Jirokichi, đã sắp đặt một khí cầu lớn mang tên Bell 3, trên đó có chứa viên đá quý "Thiếu nữ bầu trời". Nhóm Mori Kogoro và Đội Thám tử nhí cũng được mời tham gia chuyến bay đến Osaka này. Không may,toàn bộ con tàu đã bị bọn...

Thám tử nhí Edogawa Conan lại một lần nữa đối mặt với Tổ chức Áo đen trong một cuộc thách đấu định mệnh.Câu truyện bắt đầu khi Tổ chức áo đen phát hiện ra tên thám tử học sinh Kudo Shinichi vẫn còn sống sót sau khi uống viên thuốc độc của bọn chúng, và giờ đang trú ngụ trong vỏ bọc của một học sinh cấp một.Tất cả những người có liên quan với Conan đều nằm trong vòng truy sát của Tổ chức Áo đen.Conan sẽ phải làm gì để bảo vệ những người quan trọng của cậu? Mời các bạn đón xem.

Sau các đợt tấn công không dứt của Angel, NERV quyết định tiếp nhận thêm hai phi công mới đến hỗ trợ cho chiến dịch là Asuka Langley Shikinami, một cô bé mạnh mẽ đầy cá tính, và Makinami Mari Illustrous, một nữ phi công bí ẩn từng lập chiến công tiêu diệt hài cốt tái sinh của Angel thứ ba, Shamshel. Cùng với sự hỗ trợ của Asuka, công cuộc chống chọi các Angel trở nên nhẹ nhàng hơn và Ikari Shinji cũng đã bắt đầu quen dần với cuộc sống và mở lòng với mọi người. Để rồi một biến cố kinh hoàng xảy đ...

Một người đàn ông bí ẩn hỏi Kogoro để đến Yokohama. He asked Ran, Conan and the others go with him. Ông đã yêu cầu Ran, Conan và những người khác đi với anh ta. However, it was a trap, and Ran and the Detective Boys are taken as hostage. Tuy nhiên, nó đã là một cái bẫy, và Ran và Detective Boys được lấy làm con tin. The case that the mysterious man gave Kogoro must be solved within 12 hours, or else the bomb, hidden in VIP passes for an amusement park and worn by Ran and the others, will explode...

Một kẻ giỏi kiếm đạo liên tiếp gây ra 5 vụ án mạng làm xôn xao giới cảnh sát Tokyo. Theo lời mời, Conan cùng thám tử Mori đến đền Sanno để tìm pho tượng Như Lai đã bị đánh cắp 8 năm về trước! Tình cờ gặp lại Hattori, hai người bắt tay hợp tác phá án. Trong quá trình thu thập thông tin, Hattori giáp mặt hung thủ và bị đe dọa đến tính mạng. Sự xuất hiện của cô bé Kazuha, mối tình đầu của Hattori càng làm mọi việc trở nên rối rắm. Conan sẽ làm thế nào để tìm ra hung thủ và bảo toàn mạng sống cho Ha...

Imperial Easter Egg là món đồ nghệ thuật mà sa hoàng Nga đặt nghệ nhân Faberge tạo ra để làm quà tặng cho hoàng hậu nhân lễ phục sinh. Không chỉ Kid mà rất nhiều nhân vật tham gia vào vụ trộm này : Hoshi Seiran, nhà nghiên cứu vương triều Romanov; Ông Inui, nhà buôn đồ cổ; Ông Serger Ovchinikov - bí thư thứ nhất đại sứ quán Nga; Anh Sagawa Ryu – nhiếp ảnh gia tự do... Một cuộc họp khẩn do thanh tra Chaki chủ trì với sự góp mặt của các thanh tra cảnh sát cao cấp nhằm giải mã thư cảnh báo của siêu...