3DCG! Shin Cậu Bé Bút Chì: Đại Chiến Siêu Năng Lực ~Sushi Bay~ xoay quanh câu chuyện về hai nguồn sáng đặc biệt từ vũ trụ mang theo siêu năng lực đặc biệt tới Trái Đất. Một nguồn sáng tích cực “nhập” vào nhóc Shin, khiến cặp mông núng nính của cậu chàng trở nên nóng bỏng và có khả năng điều khiển những đồ vật xung quanh theo ý muốn.

3DCG! Shin Cậu Bé Bút Chì: Đại Chiến Siêu Năng Lực ~Sushi Bay~ xoay quanh câu chuyện về hai nguồn sáng đặc biệt từ vũ trụ mang theo siêu năng lực đặc biệt tới Trái Đất. Một nguồn sáng tích cực “nhập” vào nhóc Shin, khiến cặp mông núng nính của cậu chàng trở nên nóng bỏng và có khả năng điều khiển những đồ vật xung quanh theo ý muốn.

Câu chuyện hoàn toàn mới tập trung vào Taichi Yagami khi cậu học năm thứ năm tại trường tiểu học. Bạn hữu của cậu là Agumon. Câu chuyện bắt đầu ở Tokyo khi xảy ra sự cố mạng quy mô lớn. Taichi đang chuẩn bị cho chuyến đi cắm trại mùa hè cuối tuần của mình khi sự cố xảy ra. Mẹ của Taichi và em gái Hikari của cậu bị mắc kẹt trên một chuyến tàu không ngừng di chuyển, và Taichi đến Shibuya để giúp đỡ họ. Tuy nhiên, trên đường đến đó, cậu gặp một hiện tượng kỳ lạ và càn quét cậu vào Thế giới số cùng...